feat: solve bug reported in the alpha feedback and added some features like the cumulative arg.

[ElouenGinat]

• Implemented functions to generate Gaussian and Pareto distributed data.
• Created visualizations for both distributions using adaptive histograms.
• Saved generated figures to the 'docs/images' directory.
• Included sample statistics in the console output for verification.

[Copilot]

Pull request overview

This PR expands Khisto’s histogram APIs and documentation, adding a cumulative histogram API (cumfreq) plus Matplotlib cumulative support, alongside improved CLI error reporting and updated example assets for the README/docs.

Changes:

• Added khisto.cumfreq (array-level cumulative histogram) and exposed it via package exports.
• Added cumulative support (incl. reverse cumulative) to khisto.matplotlib.hist, plus new tests.
• Improved CLI adapter behavior: richer error messages on CLI failures and better “best histogram” selection logic.

Reviewed changes

Copilot reviewed 13 out of 16 changed files in this pull request and generated 6 comments.

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File	Description
tests/plot/test_matplotlib_histogram.py	Updates default density expectations; adds cumulative + sequence-input tests for Matplotlib wrapper.
tests/core/test_cli_adapter.py	Adds tests for CLI failure reporting and best-histogram file authority.
tests/array/test_histogram.py	Adds cumfreq tests; strengthens density vs count assertion.
src/khisto/matplotlib/hist.py	Adds cumulative parameter, unsupported-kwargs checks, and cumulative application logic.
src/khisto/core/cli_adapter.py	Improves CSV parsing types, best-histogram selection, and wraps subprocess failures as RuntimeError.
src/khisto/array/histogram/api.py	Adds _apply_cumulative, changes density default, and introduces cumfreq.
src/khisto/array/histogram/init.py	Re-exports cumfreq.
src/khisto/array/init.py	Re-exports cumfreq.
src/khisto/init.py	Exposes cumfreq at top-level.
scripts/generate_distribution_examples.py	New script to generate Gaussian/Pareto examples and save plots to docs.
README.md	Adds example images and updates quick start / cumulative docs and dev commands.
docs/images/pareto-quick-start.png	Adds generated Pareto example image for README.
docs/images/gaussian-quick-start.png	Adds generated Gaussian example image for README.
docs/API.md	Documents cumfreq, cumulative plotting changes, and “How it works” section.
docs/API_COMPARISON.md	Adds SciPy cumfreq comparison; updates Matplotlib comparison to include cumulative + sequence concatenation.

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[marcboulle]

Quelques petits détails ou réponse à tes questions dans les notes de review de copilot.

Sinon, j'ai vérifié un à un les points de l'issue: l'essentiel me semble OK.

Cumulative

Pour la cumulative, je pense que c'est très bien de prendre en compte cette option de matplotlib.hist, pur être le plus possible compatible avec cette méthode.

Par contre, je pense qu'il ne faut pas ajouter la nouvelle méthode cumfreq:

• cela augmente de 50% le nombre des méthode de l'API ;)
• autant améliorer à peu de frais la compatibilité avec matplotlib.hist est pertinent, autant cette nouvelle méthode est de faible intérêt, puisque l'on peut exploiter les résultats d'un appel à khisto.histogram en une ligne de code pour avoir l'équivalent
• cela pose de nouveau problème de compatibilité avec scipy.stats. cumfreq, qui a des paramètre spécifique comme defaultreallimits ou weights

Bugs

Je n'ai testé si les bugs sont corrigés: as-tu pu reproduire ces bugs et les corriger?

Format binaire

Enfin, je pense que c'est le moment de prendre en compte le format binaire, maintenant géré par khisto dans khiops (disponible dans la release https://github.com/KhiopsML/khiops/releases/tag/11.0.1-a.3).
Cf nouvelle version du readme, avec la nouvelle option -b

Usage: `khisto [OPTIONS] INPUT_FILE HISTOGRAM`
The output HISTOGRAM contains bin details: lower bound, upper bound, bin width, frequency, probability, and density.

Options:
- -b: Read input as binary (8-byte doubles) instead of text
- -e: Generate a series of histograms with increasing accuracy for exploratory analysis
- -j: Save all outputs in a single JSON file
- -h: Display help message and exit
- -v: Show version information and exit

Pour cela, la méthode tofilede numpy devrait faire l'affaire:

        data = np.random.normal(0, 1, size)
        data.tofile(f"Gaussian{size}.bin")

Test finaux

Dès que tout cela sera prêt, je retesterais le tout en mode béta.

[marcboulle]

Il reste des référence à cumfreq.

Sinon, pourrais-tu répondre aux remarques de review que tu as prises en compte (par exemple, par "Done"): cela me permettrait de les mettre en "Resolved" après vérification.

Tu n'as pas non plus répondu à ma question sur les bugs (reproduction et résolution).

[ElouenGinat]

Bonjour,

Je n’ai pas réussi à reproduire les deux bugs que tu as décrits. On peut en discuter ensemble si tu veux.
Dans tous les cas, le paramètre density fonctionne.

J’ai supprimé cumfreq. J’ai également implémenté le format binaire et mis à jour la version de khisto.

[marcboulle]

LGTM

Pour les bugs, je verrai cela lors du béta-test.