From 24810be3195fd0f1ad3380afa3b96148ea849bde Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Soma-Yamamoto Date: Thu, 2 Jul 2026 13:11:38 +0900 Subject: [PATCH 1/7] softwere.md made draft --- rikyu/docs/ja/software.md | 298 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 298 insertions(+) diff --git a/rikyu/docs/ja/software.md b/rikyu/docs/ja/software.md index adac31d..cfaf6eb 100644 --- a/rikyu/docs/ja/software.md +++ b/rikyu/docs/ja/software.md @@ -1 +1,299 @@ # ソフトウェア環境 + +# Spackとは + +- Spackは主にスーパーコンピュータ向けのパッケージ管理ツールです。詳細は公式ページ [https://spack.io/](https://spack.io/) をご覧ください。 +- スーパーコンピュータ「理究」ではSpackを用いてオープンソースソフトウェア（OSS）を管理、提供します。 +- 利用頻度の高いOSSについては、システム側でSpackインスタンスを用意してビルド済みのOSSを提供します。この部分を「パブリック・インスタンス」と呼びます。 +- 各ユーザがホームディレクトリ以下にSpackインスタンスを保持し各自でOSSをビルドして利用することもできます。この部分を「プライベート・インスタンス」と呼びます。 +- プライベート・インスタンスを利用の際にも、「チェイニング」の機能を用いることでパブリック・インスタンスで提供されるビルド済みOSSを参照・利用可能です。この機能を用いることで、依存関係のために多数のOSSをビルドする負荷を軽減することができます。 + +## パブリック・インスタンスの利用 + +システム側でビルド済みのOSSを利用する場合、環境の読み込みのみで利用可能です。 + +!!! note + ジョブでパブリック・インスタンスを利用する場合には、環境変数 `PJM_LLIO_GFSCACHE` に `/vol0004` を指定する必要があります。詳しくは、「利用手引書 －利用およびジョブ実行編－」の「[8.8. 利用ファイルシステム(volume)の選択](https://www.fugaku.r-ccs.riken.jp/doc_root/ja/user_guides/use_latest/LayeredStorageAndLLIO/SelectAvailableVolumes.html)」をご参照ください。 + + + +### 環境の読み込み + +コマンドラインで以下のようにすることでSpackが利用可能になります。 +`bash` の場合： + +```bash +$ . /vol0004/apps/oss/spack/share/spack/setup-env.sh +``` + + +バッチ型ジョブで利用する場合はジョブスクリプトにも同様の記述をしてください。 + + +### ビルド済みパッケージの確認 + +コマンドラインで + +```bash +$ spack find -x +``` + +とすることで利用可能なOSSの一覧が得られます。2025-10-17現在では以下のようになっています： + +```bash +login4$ spack find -x + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=gcc@13.3.0 ---- +cp2k@2026.1 darshan-runtime@3.5.0 darshan-runtime@3.5.0 frontistr@5.3 julia@1.12.6 paraview@6.1.1 petsc@3.25.2 py-scipy@1.17.1 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=nvhpc@26.3 ---- +quantum-espresso@7.5 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx=gcc@13.3.0 ------------ +ffmpeg@8.1 grads@2.2.3 gromacs@2026.1 openbabel@3.2.0 openfoam-org@12 povray@3.7.0.10 py-mpi4py@4.1.1 py-scikit-learn@1.9.0 +gnuplot@6.0.0 gromacs@2026.1 lammps@20260211 openfoam@2512 openfoam-org@12 py-matplotlib@3.11.0 py-pandas@3.0.3 rust@1.96.0 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,fortran=gcc@13.3.0 -------- +cpmd@4.3 genesis@1.6.0 openmx@3.9 salmon-tddft@2.0.0 scale@5.4.4 wrf@4.7.1 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c=gcc@13.3.0 ---------------- +gsl@2.8 py-netcdf4@1.7.2 tmux@3.6a + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %cxx=gcc@13.3.0 -------------- +autodock-vina@1.2.6 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / no compilers ----------------- +py-ase@3.28.0 py-toml@0.10.2 py-xarray@2026.4.0 +==> 38 installed packages +``` + +ここでは `-x` オプションにより明示的にインストールされたパッケージのみを表示していますが、実際にはこれらが依存する多数のパッケージもインストールされています。 +`linux-rhel8-cascadelake` または `linux-rhel8-skylake_avx512` がログインノード用、`linux-rhel8-a64fx` が計算ノード用にビルドされたOSSであることを示しています。 + +### OSSのロード + +例えばtmuxを利用可能にしたい場合： + +```bash +$ spack load tmux +``` + +とすることで、必要な設定（環境変数 `PATH` など）が行われて利用可能になります。 + +同様に + +```bash +$ spack unload tmux +``` + +でアンロードできます。 + +!!! note + 以下のように、`module` コマンドを利用してOSSをロード、アンロードすることもできます。 + + ```bash + $ module load tmux + $ module unload tmux + ``` + +## プライベート・インスタンスの利用 + +**これ以降の内容は、自身でOSSをビルドするユーザにのみ必要とされる作業であり、システム側で提供するビルド済みOSSを利用するだけのユーザは行う必要がありません。** + +各々のユーザのホームディレクトリ等にSpackインスタンスを保持し、ユーザがOSSをビルドして利用することができます。 + +### リポジトリのクローン + +簡単のため `$TMPDIR` へインストールする方法を説明しますが（環境変数 `TMPDIR` の設定については、[環境の読み込み](#setup) の章の注釈を参照）、インストール先のディレクトリは任意です。 + +```bash +$ cd $TMPDIR +$ git clone https://github.com/RIKEN-RCCS/spack.git +$ cd spack +$ git checkout fugaku-v1.0.1 +``` + +クローンしてきた直後ではデフォルトのdevelopブランチですが、ここではfugaku-v1.0.1ブランチへと切り替えています。 + +### パブリック・インスタンス提供パッケージの利用 + +ログインノードで一度環境を読み込みます。 + +```bash +$ . $TMPDIR/spack/share/spack/setup-env.sh +``` + +Spackで提供される「チェイニング」の機能を用いることで、別のインスタンスにインストール済みのパッケージを利用することができます。ここで紹介する手順では、パブリック・インスタンスをアップストリームとして設定することで各々のプライベート・インスタンスから前者でインストール済みのパッケージを利用する設定を行います。この機能を利用するには、テキストファイル `~/.spack/upstreams.yaml` を以下の内容で作成してください： + +```yaml +upstreams: + spack-public-instance: + install_tree: /vol0004/apps/oss/spack/opt/spack +``` + +この後 + +```bash +$ spack compilers +``` + +としたとき、 + +```bash +==> Available compilers +-- gcc ubuntu24.04-aarch64 -------------------------------------- +[e] gcc@13.3.0 + +-- llvm ubuntu24.04-aarch64 ------------------------------------- +[+] llvm@20.1.8 [+] llvm@18.1.8 + +-- nvhpc ubuntu24.04-aarch64 ------------------------------------ +[e] nvhpc@26.3 +``` + +のような出力があればコンパイラの設定は成功です。 + +さらに、 + +```bash +$ spack repo add /vol0004/apps/oss/spack/var/spack/fugaku-packages/repos/spack_repo/fugaku/local +$ spack repo add /vol0004/apps/oss/spack/var/spack/fugaku-packages/repos/spack_repo/fugaku/update +$ spack repo add /vol0004/apps/oss/spack/var/spack/fugaku-packages/repos/spack_repo/fugaku/rist +$ spack repo add /vol0004/apps/oss/spack/var/spack/fugaku-packages/repos/spack_repo/fugaku/rccs +``` + +として、ローカル・リポジトリを追加しておきます。 + +設定が完了したら、 + +```bash +$ spack find +``` + +としてパブリック・インスタンス提供のパッケージが見えることを確認してください。 + +### パッケージのインストールと管理 + +```bash +$ spack list +``` + +とすることで入手可能な全てのパッケージが表示されます。このままでは7000以上のパッケージが表示されてしまいますが、文字列による絞り込みができます（大文字小文字は区別しない）。例えば、 + +```bash +$ spack list mpi +``` + +とすると、 + +```bash +armcimpi mpi-sync-clocks mpix-launch-swift py-mpi4py +compiler-wrapper mpi-test-suite msmpi py-pytest-mpi +compiz mpibenchmark openmpi py-tempita +cray-mpich mpibind pbmpi r-rmpi +exempi mpich pdiplugin-mpi rempi +fujitsu-mpi mpidiff perl-apache-logformat-compiler rkt-compiler-lib +hpcx-mpi mpifileutils perl-params-validationcompiler spectrum-mpi +intel-mpi-benchmarks mpigraph perl-posix-strftime-compiler spiral-package-mpi +intel-oneapi-compilers mpilander phylobayesmpi sst-dumpi +intel-oneapi-compilers-classic mpileaks pnmpi tiny-tensor-compiler +intel-oneapi-mpi mpip py-dask-mpi umpire +mpi-bash mpir py-fluidfft-fftwmpi vampirtrace +mpi-rockstar mpitrampoline py-fluidfft-mpi-with-fftw wi4mpi +mpi-serial mpiwrapper py-mpi4jax +==> 55 packages +``` + +のような出力が得られます。ここから例えば `openmpi` をインストールするには、 + +```bash +$ spack install openmpi +``` + +とします。ここで `openmpi@4.1.1` のようにバージョンを明記することもできます。利用可能なバージョンやバリアント（ここでは説明は割愛します）を調べるには、 + +```bash +$ spack info openmpi +``` + +としてください。 + +!!! note + 計算ノード用にパッケージをインストールするには会話型ジョブで計算ノードにログインして作業を行うか、インストール用のジョブスクリプトを投入する必要があります。 + +同様にアンインストールは + +```bash +$ spack uninstall openmpi +``` + +同一名のパッケージが複数存在する場合、Spackがパッケージを解決できずにエラーとなります。このエラーを避けるには [同一名複数パッケージの区別](#sec-multiple-package) を参照してください。 + + + +### 同一名複数パッケージの区別 + +しばしばひとつのインスタンス内もしくはチェイニングされたインスタンス間で同一名のパッケージが存在することがあります。複数のバージョンが同時にインストールされている場合、あるいは同一バージョンであってもログインノード向けのビルドと計算ノード向けのビルドがインストールされているケースがなどが考えられます。そのような場合、パッケージ名だけを指定して `spack load` を実行するだけでは、Spackはどのパッケージをロードするべきかを決められないため、エラーになります。 + +例えばパブリック・インスタンスで + +```bash +$ spack load screen +``` + +とすると + +```bash +==> Error: screen matches multiple packages. + Matching packages: + e754igt screen@4.9.1 arch=linux-rhel8-a64fx %fj@4.12.0 + rkrpm6l screen@4.9.1 arch=linux-rhel8-cascadelake %gcc@15.1.0 + Use a more specific spec (e.g., prepend '/' to the hash). +``` + +のようなエラーとなります。同様の情報は + +```bash +spack find -lv screen +``` + +のようにしても得られます。以下、より詳細にパッケージ指定する方法をいくつか紹介していきます。 + +- **ハッシュ値での指定**：Spackではパッケージ名に詳細なビルド条件を付記した `spec` に対して一意にハッシュ値が定まるようになっています。`/`（スラッシュ）以降に短縮ハッシュ値の7文字を書くことで、明示的に指定することができます。これまでの例と同様に + + ```bash + $ spack load /e754igt + $ spack load /rkrpm6l + ``` + + のように指定できます。パブリック・インスタンスに同一名複数パッケージが存在する場合（例えば `fftw`、依存するパッケージの違いによっても同一名複数パッケージが発生する場合があります）は、 + + ```bash + $ spack find -lx + ``` + + で出てきたほうのパッケージをロードするようにしてください。（`-l` は7文字の短縮ハッシュ値を表示するオプション、`-x` はexplicitにインストールされたパッケージのみを表示するオプションです。） + +- **バージョン番号での指定**：パッケージ名の後に `@`（アットマーク）を付け以降にバージョン番号を指定します。たとえば： + + ```bash + $ spack load screen@4.9.1 + ``` + + （ただし今回の例では同様のエラーとなります。） + + ```bash + $ spack load screen%gcc + $ spack load screen%fj + ``` + + のように区別が可能です。更に詳細に `screen%gcc@15.1.0` や `screen%fj@4.12.0` のような記述も可能です。 + +- **アーキテクチャでの指定**：パッケージ名の後に `arch=` でビルド時のターゲットアーキテクチャを指定できます。ログインノードと計算ノードに対してそれぞれ + + ```bash + $ spack load screen arch=linux-rhel8-cascadelake + $ spack load screen arch=linux-rhel8-a64fx + ``` + + のようになります。 \ No newline at end of file From 5f9e60ef9de7c0ead9b74b18229adc6ba55a5e7a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Soma-Yamamoto Date: Fri, 3 Jul 2026 01:09:26 +0900 Subject: [PATCH 2/7] software jp docs --- rikyu/docs/ja/software.md | 348 +++++++++++++++++++++----------------- 1 file changed, 189 insertions(+), 159 deletions(-) diff --git a/rikyu/docs/ja/software.md b/rikyu/docs/ja/software.md index cfaf6eb..450dfdd 100644 --- a/rikyu/docs/ja/software.md +++ b/rikyu/docs/ja/software.md @@ -1,34 +1,30 @@ # ソフトウェア環境 -# Spackとは +## Spackとは -- Spackは主にスーパーコンピュータ向けのパッケージ管理ツールです。詳細は公式ページ [https://spack.io/](https://spack.io/) をご覧ください。 -- スーパーコンピュータ「理究」ではSpackを用いてオープンソースソフトウェア（OSS）を管理、提供します。 +- Spackは主にスーパーコンピュータ向けのパッケージ管理ツールです。詳細は公式ページ をご覧ください。 +- 理究ではSpackを用いてオープンソースソフトウェア（OSS）を管理、提供します。 - 利用頻度の高いOSSについては、システム側でSpackインスタンスを用意してビルド済みのOSSを提供します。この部分を「パブリック・インスタンス」と呼びます。 -- 各ユーザがホームディレクトリ以下にSpackインスタンスを保持し各自でOSSをビルドして利用することもできます。この部分を「プライベート・インスタンス」と呼びます。 -- プライベート・インスタンスを利用の際にも、「チェイニング」の機能を用いることでパブリック・インスタンスで提供されるビルド済みOSSを参照・利用可能です。この機能を用いることで、依存関係のために多数のOSSをビルドする負荷を軽減することができます。 +- 各ユーザがホームディレクトリ以下にSpackインスタンスを保持し、各自でOSSをビルドして利用することもできます。この部分を「プライベート・インスタンス」と呼びます。 +- プライベート・インスタンスにおいても、「チェイニング」機能を利用することで、パブリック・インスタンスで提供されるビルド済みOSSを参照できます。この機能により、依存関係のために多数のOSSをビルドする負荷を軽減できます。 ## パブリック・インスタンスの利用 -システム側でビルド済みのOSSを利用する場合、環境の読み込みのみで利用可能です。 - -!!! note - ジョブでパブリック・インスタンスを利用する場合には、環境変数 `PJM_LLIO_GFSCACHE` に `/vol0004` を指定する必要があります。詳しくは、「利用手引書 －利用およびジョブ実行編－」の「[8.8. 利用ファイルシステム(volume)の選択](https://www.fugaku.r-ccs.riken.jp/doc_root/ja/user_guides/use_latest/LayeredStorageAndLLIO/SelectAvailableVolumes.html)」をご参照ください。 +システム側でビルド済みのOSSを利用する場合、環境を読み込むだけで利用できます。 ### 環境の読み込み -コマンドラインで以下のようにすることでSpackが利用可能になります。 +コマンドラインで以下を実行するとSpackが利用可能になります。 + `bash` の場合： ```bash -$ . /vol0004/apps/oss/spack/share/spack/setup-env.sh +$ . /shared/software/spack/share/spack/setup-env.sh ``` - -バッチ型ジョブで利用する場合はジョブスクリプトにも同様の記述をしてください。 - +バッチ型ジョブで利用する場合は、ジョブスクリプトにも同様の記述を追加してください。 ### ビルド済みパッケージの確認 @@ -38,262 +34,296 @@ $ . /vol0004/apps/oss/spack/share/spack/setup-env.sh $ spack find -x ``` -とすることで利用可能なOSSの一覧が得られます。2025-10-17現在では以下のようになっています： +を実行すると、利用可能なOSSの一覧を確認できます。 -```bash -login4$ spack find -x +以下は2026-07-06時点の例です。 --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=gcc@13.3.0 ---- -cp2k@2026.1 darshan-runtime@3.5.0 darshan-runtime@3.5.0 frontistr@5.3 julia@1.12.6 paraview@6.1.1 petsc@3.25.2 py-scipy@1.17.1 +```bash +spack find -x +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=gcc@13.3.0 -- +cp2k@2026.1 frontistr@5.3 petsc@3.25.2 +darshan-runtime@3.5.0 julia@1.12.6 py-scipy@1.17.1 +darshan-runtime@3.5.0 paraview@6.1.1 --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=nvhpc@26.3 ---- +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=nvhpc@26.3 -- quantum-espresso@7.5 --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx=gcc@13.3.0 ------------ -ffmpeg@8.1 grads@2.2.3 gromacs@2026.1 openbabel@3.2.0 openfoam-org@12 povray@3.7.0.10 py-mpi4py@4.1.1 py-scikit-learn@1.9.0 -gnuplot@6.0.0 gromacs@2026.1 lammps@20260211 openfoam@2512 openfoam-org@12 py-matplotlib@3.11.0 py-pandas@3.0.3 rust@1.96.0 +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx=gcc@13.3.0 ---------- +ffmpeg@8.1 openbabel@3.2.0 py-mpi4py@4.1.1 +gnuplot@6.0.0 openfoam@2512 py-pandas@3.0.3 +grads@2.2.3 openfoam-org@12 py-scikit-learn@1.9.0 +gromacs@2026.1 openfoam-org@12 rust@1.96.0 +gromacs@2026.1 povray@3.7.0.10 +lammps@20260211 py-matplotlib@3.11.0 --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,fortran=gcc@13.3.0 -------- -cpmd@4.3 genesis@1.6.0 openmx@3.9 salmon-tddft@2.0.0 scale@5.4.4 wrf@4.7.1 +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,fortran=gcc@13.3.0 ------ +cpmd@4.3 openmx@3.9 scale@5.4.4 +genesis@1.6.0 salmon-tddft@2.0.0 wrf@4.7.1 --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c=gcc@13.3.0 ---------------- +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c=gcc@13.3.0 -------------- gsl@2.8 py-netcdf4@1.7.2 tmux@3.6a --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %cxx=gcc@13.3.0 -------------- +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %cxx=gcc@13.3.0 ------------ autodock-vina@1.2.6 --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / no compilers ----------------- +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / no compilers --------------- py-ase@3.28.0 py-toml@0.10.2 py-xarray@2026.4.0 + ==> 38 installed packages ``` -ここでは `-x` オプションにより明示的にインストールされたパッケージのみを表示していますが、実際にはこれらが依存する多数のパッケージもインストールされています。 -`linux-rhel8-cascadelake` または `linux-rhel8-skylake_avx512` がログインノード用、`linux-rhel8-a64fx` が計算ノード用にビルドされたOSSであることを示しています。 +> **注** +> +> 同一名称のパッケージが複数表示される場合があります。これは依存関係やビルド条件の違いによるものであり、詳細は後述の「同一名複数パッケージの区別」を参照してください。 + +ここでは `-x` オプションにより、明示的にインストールされたパッケージのみを表示しています。実際にはこれらが依存する多数のパッケージもインストールされています。 ### OSSのロード -例えばtmuxを利用可能にしたい場合： +例えば `cp2k` を利用可能にしたい場合は、 ```bash -$ spack load tmux +$ spack load cp2k ``` -とすることで、必要な設定（環境変数 `PATH` など）が行われて利用可能になります。 +を実行します。 + +必要な環境変数（`PATH` など）が設定され、アプリケーションを利用できるようになります。 -同様に +利用後アンロードする場合は、 ```bash -$ spack unload tmux +$ spack unload cp2k ``` でアンロードできます。 -!!! note - 以下のように、`module` コマンドを利用してOSSをロード、アンロードすることもできます。 +### 現在GPU対応しているアプリケーション - ```bash - $ module load tmux - $ module unload tmux - ``` +現在、以下のアプリケーションがGPUに対応しています。 -## プライベート・インスタンスの利用 +- petsc +- lammps +- quantum-espresso +- gromacs -**これ以降の内容は、自身でOSSをビルドするユーザにのみ必要とされる作業であり、システム側で提供するビルド済みOSSを利用するだけのユーザは行う必要がありません。** +## hpcx-mpiを使用する場合の注意点 -各々のユーザのホームディレクトリ等にSpackインスタンスを保持し、ユーザがOSSをビルドして利用することができます。 +本システムでは NVIDIA HPC-X MPI を利用できます。 -### リポジトリのクローン +HPC-X MPI は Open MPI をベースとした高性能MPI実装であり、UCXなどの高速通信ライブラリを利用することで高い並列性能を実現しています。 -簡単のため `$TMPDIR` へインストールする方法を説明しますが（環境変数 `TMPDIR` の設定については、[環境の読み込み](#setup) の章の注釈を参照）、インストール先のディレクトリは任意です。 +ただし、パブリック・インスタンスで提供されるすべてのMPIアプリケーションが hpcx-mpi に対応しているわけではありません。MPI実行前に、対象アプリケーションが hpcx-mpi 対応版としてビルドされていることを確認してください。 -```bash -$ cd $TMPDIR -$ git clone https://github.com/RIKEN-RCCS/spack.git -$ cd spack -$ git checkout fugaku-v1.0.1 -``` +### hpcx-mpi対応アプリケーションの確認 -クローンしてきた直後ではデフォルトのdevelopブランチですが、ここではfugaku-v1.0.1ブランチへと切り替えています。 +現在、以下のアプリケーションが hpcx-mpi に対応しています。 -### パブリック・インスタンス提供パッケージの利用 +- quantum-espresso +- gromacs -ログインノードで一度環境を読み込みます。 +インストール済みパッケージの詳細情報は以下のコマンドで確認できます。 ```bash -$ . $TMPDIR/spack/share/spack/setup-env.sh +$ spack find -lv <パッケージ名> ``` -Spackで提供される「チェイニング」の機能を用いることで、別のインスタンスにインストール済みのパッケージを利用することができます。ここで紹介する手順では、パブリック・インスタンスをアップストリームとして設定することで各々のプライベート・インスタンスから前者でインストール済みのパッケージを利用する設定を行います。この機能を利用するには、テキストファイル `~/.spack/upstreams.yaml` を以下の内容で作成してください： - -```yaml -upstreams: - spack-public-instance: - install_tree: /vol0004/apps/oss/spack/opt/spack -``` - -この後 +例えば Quantum ESPRESSO の場合： ```bash -$ spack compilers +$ spack find -lv quantum-espresso ``` -としたとき、 +あるいはビルド構成（spec）を確認します。 ```bash -==> Available compilers --- gcc ubuntu24.04-aarch64 -------------------------------------- -[e] gcc@13.3.0 +$ spack spec quantum-espresso +``` --- llvm ubuntu24.04-aarch64 ------------------------------------- -[+] llvm@20.1.8 [+] llvm@18.1.8 +依存関係ツリー内に --- nvhpc ubuntu24.04-aarch64 ------------------------------------ -[e] nvhpc@26.3 +```text +^hpcx-mpi ``` -のような出力があればコンパイラの設定は成功です。 +が表示されている場合、そのアプリケーションは hpcx-mpi を利用する構成でビルドされています。 -さらに、 +また、インストール済みパッケージのハッシュ値が分かっている場合は、 ```bash -$ spack repo add /vol0004/apps/oss/spack/var/spack/fugaku-packages/repos/spack_repo/fugaku/local -$ spack repo add /vol0004/apps/oss/spack/var/spack/fugaku-packages/repos/spack_repo/fugaku/update -$ spack repo add /vol0004/apps/oss/spack/var/spack/fugaku-packages/repos/spack_repo/fugaku/rist -$ spack repo add /vol0004/apps/oss/spack/var/spack/fugaku-packages/repos/spack_repo/fugaku/rccs +$ spack spec / ``` -として、ローカル・リポジトリを追加しておきます。 +でも確認できます。 + +### 実行時の注意 + +本システムで hpcx-mpi を利用する場合は、計算ノード上で実行ファイルを確実に参照できるよう、実行ファイルを絶対パスで指定することを推奨します。 -設定が完了したら、 +ジョブスクリプト例： ```bash -$ spack find +#!/bin/bash +#SBATCH --nodes=2 +#SBATCH --ntasks-per-node=32 + +srun /shared/software/spack/.../bin/pw.x -in qe.in ``` -としてパブリック・インスタンス提供のパッケージが見えることを確認してください。 +## 同一名複数パッケージの区別 -### パッケージのインストールと管理 +複数のバージョンが同時にインストールされている場合や、同一バージョンであってもログインノード向けと計算ノード向けで異なるビルドがインストールされている場合があります。 -```bash -$ spack list -``` +そのような場合、パッケージ名だけを指定して `spack load` を実行すると、Spackがどのパッケージをロードするべきか判断できず、エラーになります。 -とすることで入手可能な全てのパッケージが表示されます。このままでは7000以上のパッケージが表示されてしまいますが、文字列による絞り込みができます（大文字小文字は区別しない）。例えば、 +例えば、 ```bash -$ spack list mpi +$ spack load fftw ``` -とすると、 +を実行すると、 -```bash -armcimpi mpi-sync-clocks mpix-launch-swift py-mpi4py -compiler-wrapper mpi-test-suite msmpi py-pytest-mpi -compiz mpibenchmark openmpi py-tempita -cray-mpich mpibind pbmpi r-rmpi -exempi mpich pdiplugin-mpi rempi -fujitsu-mpi mpidiff perl-apache-logformat-compiler rkt-compiler-lib -hpcx-mpi mpifileutils perl-params-validationcompiler spectrum-mpi -intel-mpi-benchmarks mpigraph perl-posix-strftime-compiler spiral-package-mpi -intel-oneapi-compilers mpilander phylobayesmpi sst-dumpi -intel-oneapi-compilers-classic mpileaks pnmpi tiny-tensor-compiler -intel-oneapi-mpi mpip py-dask-mpi umpire -mpi-bash mpir py-fluidfft-fftwmpi vampirtrace -mpi-rockstar mpitrampoline py-fluidfft-mpi-with-fftw wi4mpi -mpi-serial mpiwrapper py-mpi4jax -==> 55 packages +```text +==> Error: fftw matches multiple packages. + Matching packages: + 5rny4xu fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 + ftaxup7 fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 + nkvjfgj fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=nvhpc@26.3 + Use a more specific spec (e.g., prepend '/' to the hash). ``` -のような出力が得られます。ここから例えば `openmpi` をインストールするには、 +のようなエラーになります。 + +同様の情報は、 ```bash -$ spack install openmpi +$ spack find -lv fftw ``` -とします。ここで `openmpi@4.1.1` のようにバージョンを明記することもできます。利用可能なバージョンやバリアント（ここでは説明は割愛します）を調べるには、 +でも確認できます。 -```bash -$ spack info openmpi -``` +### ハッシュ値での指定 -としてください。 +Spackではパッケージのビルド条件を含む `spec` に対して一意のハッシュ値が割り当てられます。 -!!! note - 計算ノード用にパッケージをインストールするには会話型ジョブで計算ノードにログインして作業を行うか、インストール用のジョブスクリプトを投入する必要があります。 +以下のように短縮ハッシュ値を用いて指定できます。 -同様にアンインストールは +```bash +$ spack load /5rny4xu +$ spack load /ftaxup7 +$ spack load /nkvjfgj +``` + +パブリック・インスタンスで明示的に提供されているパッケージは、 ```bash -$ spack uninstall openmpi +$ spack find -lx ``` -同一名のパッケージが複数存在する場合、Spackがパッケージを解決できずにエラーとなります。このエラーを避けるには [同一名複数パッケージの区別](#sec-multiple-package) を参照してください。 +で確認できます。 - +同名パッケージが複数存在する場合は、通常は `spack find -lx` に表示されるパッケージを利用してください。 -### 同一名複数パッケージの区別 +- `-l` : 7文字の短縮ハッシュ値を表示 +- `-x` : 明示的（explicit）にインストールされたパッケージのみ表示 -しばしばひとつのインスタンス内もしくはチェイニングされたインスタンス間で同一名のパッケージが存在することがあります。複数のバージョンが同時にインストールされている場合、あるいは同一バージョンであってもログインノード向けのビルドと計算ノード向けのビルドがインストールされているケースがなどが考えられます。そのような場合、パッケージ名だけを指定して `spack load` を実行するだけでは、Spackはどのパッケージをロードするべきかを決められないため、エラーになります。 +### バージョン番号での指定 -例えばパブリック・インスタンスで +パッケージ名の後ろに `@` を付けてバージョン番号を指定できます。 ```bash -$ spack load screen +$ spack load fftw@3.3.11 ``` -とすると +ただし、この例では複数の候補が存在するため同様のエラーになります。 + +コンパイラを指定して区別することもできます。 ```bash -==> Error: screen matches multiple packages. - Matching packages: - e754igt screen@4.9.1 arch=linux-rhel8-a64fx %fj@4.12.0 - rkrpm6l screen@4.9.1 arch=linux-rhel8-cascadelake %gcc@15.1.0 - Use a more specific spec (e.g., prepend '/' to the hash). +$ spack load fftw%gcc +$ spack load fftw%nvhpc ``` -のようなエラーとなります。同様の情報は +さらに詳細に指定する場合は、 ```bash -spack find -lv screen +$ spack load fftw%gcc@13.3.0 +$ spack load fftw%nvhpc@26.3 ``` -のようにしても得られます。以下、より詳細にパッケージ指定する方法をいくつか紹介していきます。 +のような記述も可能です。 + +--- -- **ハッシュ値での指定**：Spackではパッケージ名に詳細なビルド条件を付記した `spec` に対して一意にハッシュ値が定まるようになっています。`/`（スラッシュ）以降に短縮ハッシュ値の7文字を書くことで、明示的に指定することができます。これまでの例と同様に +# 付録A：提供ソフトウェア一覧 - ```bash - $ spack load /e754igt - $ spack load /rkrpm6l - ``` +以下は2026-07-06時点でパブリック・インスタンスから提供している主要ソフトウェアです。 - のように指定できます。パブリック・インスタンスに同一名複数パッケージが存在する場合（例えば `fftw`、依存するパッケージの違いによっても同一名複数パッケージが発生する場合があります）は、 +## 第一原理計算・量子化学 - ```bash - $ spack find -lx - ``` +- cp2k +- quantum-espresso +- cpmd +- openmx +- salmon-tddft - で出てきたほうのパッケージをロードするようにしてください。（`-l` は7文字の短縮ハッシュ値を表示するオプション、`-x` はexplicitにインストールされたパッケージのみを表示するオプションです。） +## 分子動力学 -- **バージョン番号での指定**：パッケージ名の後に `@`（アットマーク）を付け以降にバージョン番号を指定します。たとえば： +- gromacs +- lammps +- genesis - ```bash - $ spack load screen@4.9.1 - ``` +## CAE・構造解析・流体解析 - （ただし今回の例では同様のエラーとなります。） +- frontistr +- openfoam +- openfoam-org - ```bash - $ spack load screen%gcc - $ spack load screen%fj - ``` +## 気象・地球科学 - のように区別が可能です。更に詳細に `screen%gcc@15.1.0` や `screen%fj@4.12.0` のような記述も可能です。 +- wrf +- scale -- **アーキテクチャでの指定**：パッケージ名の後に `arch=` でビルド時のターゲットアーキテクチャを指定できます。ログインノードと計算ノードに対してそれぞれ +## 可視化・画像・動画処理 - ```bash - $ spack load screen arch=linux-rhel8-cascadelake - $ spack load screen arch=linux-rhel8-a64fx - ``` +- paraview +- povray +- gnuplot +- grads +- ffmpeg - のようになります。 \ No newline at end of file +## Python関連ライブラリ + +- py-scipy +- py-pandas +- py-matplotlib +- py-scikit-learn +- py-netcdf4 +- py-mpi4py +- py-ase +- py-xarray +- py-toml + +## 化学・創薬関連 + +- openbabel +- autodock-vina + +## 開発・その他 + +- julia +- rust +- gsl +- tmux +- darshan-runtime + +## 最新の提供ソフトウェア一覧の確認 + +提供ソフトウェアは随時更新される場合があります。 + +最新の一覧は以下のコマンドで確認してください。 + +```bash +$ spack find -x +``` \ No newline at end of file From 95669352ef822db6a725cf12215440c8b42b73dd Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Soma-Yamamoto Date: Fri, 3 Jul 2026 01:34:58 +0900 Subject: [PATCH 3/7] =?UTF-8?q?=E8=AA=A4=E5=AD=97=E3=82=92=E4=BF=AE?= =?UTF-8?q?=E6=AD=A3=20setun-env.sh=20->=20setup-env.sh?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- rikyu/docs/ja/software.md | 10 ++++++++-- 1 file changed, 8 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/rikyu/docs/ja/software.md b/rikyu/docs/ja/software.md index 450dfdd..e86c994 100644 --- a/rikyu/docs/ja/software.md +++ b/rikyu/docs/ja/software.md @@ -163,11 +163,17 @@ $ spack spec / ジョブスクリプト例： ```bash + #!/bin/bash #SBATCH --nodes=2 -#SBATCH --ntasks-per-node=32 +#SBATCH --ntasks-per-node=8 + +. /shared/software/spack/share/spack/setup-env.sh + +spack load quantum-espresso + +srun pw.x -in qe.in -srun /shared/software/spack/.../bin/pw.x -in qe.in ``` ## 同一名複数パッケージの区別 From 4e030421c8f9451ba2b0a45f775c6d53458a1b28 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Soma-Yamamoto Date: Fri, 3 Jul 2026 01:56:37 +0900 Subject: [PATCH 4/7] =?UTF-8?q?hpcx-mpi=E3=82=92=E4=BD=BF=E7=94=A8?= =?UTF-8?q?=E3=81=A7=E3=81=8D=E3=82=8B=E3=82=A2=E3=83=97=E3=83=AA=E7=BE=A4?= =?UTF-8?q?=E3=81=AB=E3=83=A9=E3=82=A4=E3=83=96=E3=83=A9=E3=83=AA=E7=BE=A4?= =?UTF-8?q?=E3=82=92=E8=BF=BD=E5=8A=A0?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- rikyu/docs/ja/software.md | 19 ++++++++++++------- 1 file changed, 12 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/rikyu/docs/ja/software.md b/rikyu/docs/ja/software.md index e86c994..bcf51a2 100644 --- a/rikyu/docs/ja/software.md +++ b/rikyu/docs/ja/software.md @@ -72,9 +72,7 @@ py-ase@3.28.0 py-toml@0.10.2 py-xarray@2026.4.0 ==> 38 installed packages ``` -> **注** -> -> 同一名称のパッケージが複数表示される場合があります。これは依存関係やビルド条件の違いによるものであり、詳細は後述の「同一名複数パッケージの区別」を参照してください。 +同一名称のパッケージが複数表示される場合があります。これは依存関係やビルド条件の違いによるものであり、詳細は後述の「同一名複数パッケージの区別」を参照してください。 ここでは `-x` オプションにより、明示的にインストールされたパッケージのみを表示しています。実際にはこれらが依存する多数のパッケージもインストールされています。 @@ -90,7 +88,7 @@ $ spack load cp2k 必要な環境変数（`PATH` など）が設定され、アプリケーションを利用できるようになります。 -利用後アンロードする場合は、 +利用後にアンロードする場合は、 ```bash $ spack unload cp2k @@ -121,6 +119,12 @@ HPC-X MPI は Open MPI をベースとした高性能MPI実装であり、UCXな - quantum-espresso - gromacs +- openfoam-org +- darshan-runtime +- scotch +- fftw +- hdf5 +- nvpl-scalapack インストール済みパッケージの詳細情報は以下のコマンドで確認できます。 @@ -158,12 +162,11 @@ $ spack spec / ### 実行時の注意 -本システムで hpcx-mpi を利用する場合は、計算ノード上で実行ファイルを確実に参照できるよう、実行ファイルを絶対パスで指定することを推奨します。 +本システムで hpcx-mpi を利用する場合は、スクリプト内で対象アプリケーションをロードした上で実行することを推奨します。 -ジョブスクリプト例： +Quantum ESPRESSO のジョブスクリプト例： ```bash - #!/bin/bash #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --ntasks-per-node=8 @@ -175,6 +178,8 @@ spack load quantum-espresso srun pw.x -in qe.in ``` +※ `qe.in` は Quantum ESPRESSO の入力ファイルです。 +※ 実際の計算を行うには、入力ファイルおよび必要な擬ポテンシャルファイル（UPF形式）を事前に準備してください。 ## 同一名複数パッケージの区別 From 5a88973efc5c60afe3fd70695227d1245c66d8af Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Soma-Yamamoto Date: Fri, 3 Jul 2026 15:57:23 +0900 Subject: [PATCH 5/7] =?UTF-8?q?softwere.md=E3=81=AB=E3=83=97=E3=83=A9?= =?UTF-8?q?=E3=82=A4=E3=83=99=E3=83=BC=E3=83=88=E3=82=A4=E3=83=B3=E3=82=B9?= =?UTF-8?q?=E3=82=BF=E3=83=B3=E3=82=B9=E3=81=AE=E5=88=A9=E7=94=A8=E3=82=92?= =?UTF-8?q?=E8=BF=BD=E5=8A=A0?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- rikyu/docs/ja/software.md | 123 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++-- 1 file changed, 118 insertions(+), 5 deletions(-) diff --git a/rikyu/docs/ja/software.md b/rikyu/docs/ja/software.md index bcf51a2..ddd1790 100644 --- a/rikyu/docs/ja/software.md +++ b/rikyu/docs/ja/software.md @@ -12,8 +12,6 @@ システム側でビルド済みのOSSを利用する場合、環境を読み込むだけで利用できます。 - - ### 環境の読み込み コマンドラインで以下を実行するとSpackが利用可能になります。 @@ -76,7 +74,122 @@ py-ase@3.28.0 py-toml@0.10.2 py-xarray@2026.4.0 ここでは `-x` オプションにより、明示的にインストールされたパッケージのみを表示しています。実際にはこれらが依存する多数のパッケージもインストールされています。 -### OSSのロード +## プライベート・インスタンスの利用 + +> **注意** +> +> 以降の内容は、自身でOSSをビルドして利用するユーザ向けです。 +> +> パブリック・インスタンスで提供されるビルド済みOSSのみを利用する場合、この作業は不要です。 + +各ユーザはホームディレクトリ以下などにSpackインスタンスを作成し、独自にOSSをビルドして利用できます。 + +### Spackインスタンスの作成 + +以下はSpackインスタンス作成の一例です。 + +```bash +$ cd <インストール先ディレクトリ> +$ git clone +$ cd spack +$ git checkout <ブランチ名> +``` + +利用するリポジトリおよびブランチは、システム管理者の案内に従ってください。 + +### プライベート・インスタンスの環境読み込み + +プライベート・インスタンスを利用する場合は、自身がインストールしたSpackインスタンスの環境を読み込みます。 + +```bash +$ . /share/spack/setup-env.sh +``` + +バッチ型ジョブで利用する場合は、ジョブスクリプトにも同様の記述を追加してください。 + +### パブリック・インスタンスとのチェイニング + +Spackのチェイニング機能を利用することで、パブリック・インスタンスで提供されるビルド済みパッケージをプライベート・インスタンスから利用できます。 + +設定方法はシステム管理者の案内に従ってください。 + +設定後は以下のコマンドで認識状況を確認できます。 + +```bash +$ spack compilers +``` + +また、パブリック・インスタンスで提供されているパッケージが参照できることを確認するには、以下のコマンドを実行してください。 + +```bash +$ spack find +``` + +### 追加リポジトリの登録 + +必要に応じて追加のパッケージリポジトリを登録できます。 + +```bash +$ spack repo add <リポジトリパス> +``` + +登録済みリポジトリは以下で確認できます。 + +```bash +$ spack repo list +``` + +### パッケージの検索 + +利用可能なパッケージは以下のコマンドで検索できます。 + +```bash +$ spack list +``` + +パッケージ名の一部を指定して検索することもできます。 + +```bash +$ spack list mpi +``` + +### パッケージ情報の確認 + +利用可能なバージョンやビルドオプションは以下で確認できます。 + +```bash +$ spack info openmpi +``` + +### パッケージのインストール + +プライベート・インスタンスでは独自にパッケージをインストールできます。 + +```bash +$ spack install openmpi +``` + +バージョン指定も可能です。 + +```bash +$ spack install openmpi@4.1.1 +``` + +> **注意** +> +> 計算ノード向けパッケージのビルドは、会話型ジョブで計算ノードへログインするか、インストール用ジョブを投入して実施してください。 + +### パッケージのアンインストール + +インストール済みパッケージは以下のコマンドで削除できます。 + +```bash +$ spack uninstall openmpi +``` + +同一名のパッケージが複数存在する場合の指定方法については、「同一名複数パッケージの区別」を参照してください。 + +## OSSのロード 例えば `cp2k` を利用可能にしたい場合は、 @@ -200,7 +313,7 @@ $ spack load fftw Matching packages: 5rny4xu fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 ftaxup7 fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 - nkvjfgj fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=nvhpc@26.3 + nkvjfgj fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 Use a more specific spec (e.g., prepend '/' to the hash). ``` @@ -337,4 +450,4 @@ $ spack load fftw%nvhpc@26.3 ```bash $ spack find -x -``` \ No newline at end of file +``` From 0bacf2eeeb40cd5a2a61ba1e0562b6b1532695c3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Soma-Yamamoto Date: Fri, 3 Jul 2026 19:29:33 +0900 Subject: [PATCH 6/7] =?UTF-8?q?software.md=E3=81=AE=E3=82=B3=E3=83=9E?= =?UTF-8?q?=E3=83=B3=E3=83=89=E7=B5=90=E6=9E=9C=E3=82=92spack-v1.2.0?= =?UTF-8?q?=E3=81=AE=E3=82=82=E3=81=AE=E3=81=AB=E5=A4=89=E6=9B=B4=E3=80=82?= =?UTF-8?q?=20=E3=81=9D=E3=82=8C=E3=81=AB=E4=BC=B4=E3=81=84=E3=80=81?= =?UTF-8?q?=E3=83=91=E3=82=B9=E3=82=84=E3=82=B3=E3=83=9E=E3=83=B3=E3=83=89?= =?UTF-8?q?=E3=82=92=E5=A4=89=E6=9B=B4=E3=80=82?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- rikyu/docs/ja/software.md | 79 +++++++++++++++++++++------------------ 1 file changed, 43 insertions(+), 36 deletions(-) diff --git a/rikyu/docs/ja/software.md b/rikyu/docs/ja/software.md index ddd1790..424fcb4 100644 --- a/rikyu/docs/ja/software.md +++ b/rikyu/docs/ja/software.md @@ -19,7 +19,7 @@ `bash` の場合： ```bash -$ . /shared/software/spack/share/spack/setup-env.sh +$ . /shared/software/spack-1.2.0/share/spack/setup-env.sh ``` バッチ型ジョブで利用する場合は、ジョブスクリプトにも同様の記述を追加してください。 @@ -37,37 +37,43 @@ $ spack find -x 以下は2026-07-06時点の例です。 ```bash -spack find -x --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=gcc@13.3.0 -- -cp2k@2026.1 frontistr@5.3 petsc@3.25.2 -darshan-runtime@3.5.0 julia@1.12.6 py-scipy@1.17.1 -darshan-runtime@3.5.0 paraview@6.1.1 - --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=nvhpc@26.3 -- -quantum-espresso@7.5 - --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx=gcc@13.3.0 ---------- -ffmpeg@8.1 openbabel@3.2.0 py-mpi4py@4.1.1 -gnuplot@6.0.0 openfoam@2512 py-pandas@3.0.3 -grads@2.2.3 openfoam-org@12 py-scikit-learn@1.9.0 -gromacs@2026.1 openfoam-org@12 rust@1.96.0 -gromacs@2026.1 povray@3.7.0.10 -lammps@20260211 py-matplotlib@3.11.0 - --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,fortran=gcc@13.3.0 ------ -cpmd@4.3 openmx@3.9 scale@5.4.4 -genesis@1.6.0 salmon-tddft@2.0.0 wrf@4.7.1 - --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c=gcc@13.3.0 -------------- -gsl@2.8 py-netcdf4@1.7.2 tmux@3.6a - --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %cxx=gcc@13.3.0 ------------ -autodock-vina@1.2.6 - --- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / no compilers --------------- -py-ase@3.28.0 py-toml@0.10.2 py-xarray@2026.4.0 - -==> 38 installed packages +spack find -lx +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=gcc@13.3.0 ---- +g6hpeea cp2k@2026.1 qxqrq4o parallel-netcdf@1.14.1 +gmcipc4 darshan-runtime@3.5.0 vephnns paraview@6.1.1 +q6ezzfa frontistr@5.3 e7q773o petsc@3.25.2 +dtkhf7f julia@1.12.6 kg4hkb6 py-scipy@1.17.1 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx,fortran=nvhpc@26.3 ---- +efwm4pc quantum-espresso@7.5 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,cxx=gcc@13.3.0 ------------ +icb2hpj ffmpeg@8.1 j25jgtt openfoam-org@12 +g4gyqaz ffmpeg@8.1 snjqbss povray@3.7.0.10 +kiylntv gnuplot@6.0.0 l2zajbr py-matplotlib@3.11.0 +teveiql grads@2.2.3 wypy6fy py-mpi4py@4.1.1 +b2zyy2l gromacs@2026.1 qpo72vu py-pandas@3.0.3 +sjduy44 lammps@20260211 esjclj6 py-scikit-learn@1.9.0 +dcheirs openbabel@3.2.0 usvgll2 rust@1.96.0 +lrbixw3 openfoam@2512 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c,fortran=gcc@13.3.0 -------- +53j2h54 cpmd@4.3 t3je6ga salmon-tddft@2.0.0 +djkxpao genesis@1.6.0 4hnwin4 scale@5.4.4 +7phdib7 netcdf-fortran@4.6.2 vjefr4h wrf@4.7.1 +6trnbya openmx@3.9 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %c=gcc@13.3.0 ---------------- +hb4jb3t gsl@2.8 djy67le py-netcdf4@1.7.2 +i7qisgo netcdf-c@4.9.2 fxzltob tmux@3.6a + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / %cxx=gcc@13.3.0 -------------- +y4boldd autodock-vina@1.2.6 kup5bkr kokkos@5.1.1 + +-- linux-ubuntu24.04-neoverse_v2 / no compilers ----------------- +52c5kr6 py-ase@3.28.0 us4lyh6 py-xarray@2026.4.0 +kn3r4xs py-toml@0.10.2 +==> 40 installed packages ``` 同一名称のパッケージが複数表示される場合があります。これは依存関係やビルド条件の違いによるものであり、詳細は後述の「同一名複数パッケージの区別」を参照してください。 @@ -217,6 +223,7 @@ $ spack unload cp2k - lammps - quantum-espresso - gromacs +- kokkos ## hpcx-mpiを使用する場合の注意点 @@ -284,7 +291,7 @@ Quantum ESPRESSO のジョブスクリプト例： #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --ntasks-per-node=8 -. /shared/software/spack/share/spack/setup-env.sh +. /shared/software/spack-v1.2.0/share/spack/setup-env.sh spack load quantum-espresso @@ -311,10 +318,9 @@ $ spack load fftw ```text ==> Error: fftw matches multiple packages. Matching packages: + erk4i5v fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 5rny4xu fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 - ftaxup7 fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 - nkvjfgj fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=gcc@13.3.0 - Use a more specific spec (e.g., prepend '/' to the hash). + nkvjfgj fftw@3.3.11 platform=linux os=ubuntu24.04 target=neoverse_v2 %c,fortran=nvhpc@26.3 ``` のようなエラーになります。 @@ -441,6 +447,7 @@ $ spack load fftw%nvhpc@26.3 - gsl - tmux - darshan-runtime +- kokkos ## 最新の提供ソフトウェア一覧の確認 From 78637f3be8ac72afe7fa8b826b21607df23b41ca Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Soma-Yamamoto Date: Fri, 3 Jul 2026 22:29:17 +0900 Subject: [PATCH 7/7] =?UTF-8?q?software.md=E3=81=AE=E8=A8=80=E3=81=84?= =?UTF-8?q?=E5=9B=9E=E3=81=97=E3=82=92=E3=82=84=E3=82=84=E5=A4=89=E6=9B=B4?= =?UTF-8?q?=20=E5=88=A9=E7=94=A8=E5=8F=AF=E8=83=BD=E3=81=AB=E3=81=99?= =?UTF-8?q?=E3=82=8B=E2=86=92=E5=88=A9=E7=94=A8=E3=81=99=E3=82=8B=20?= =?UTF-8?q?=E5=90=8C=E4=B8=80=E5=90=8D=E8=A4=87=E6=95=B0=E3=83=91=E3=83=83?= =?UTF-8?q?=E3=82=B1=E3=83=BC=E3=82=B8=E3=81=AE=E5=8C=BA=E5=88=A5=E2=86=92?= =?UTF-8?q?=E5=90=8C=E5=90=8D=E8=A4=87=E6=95=B0=E3=83=91=E3=83=83=E3=82=B1?= =?UTF-8?q?=E3=83=BC=E3=82=B8=E3=81=AE=E5=8C=BA=E5=88=A5?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- rikyu/docs/ja/software.md | 6 +++--- 1 file changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/rikyu/docs/ja/software.md b/rikyu/docs/ja/software.md index 424fcb4..5f8d31c 100644 --- a/rikyu/docs/ja/software.md +++ b/rikyu/docs/ja/software.md @@ -197,7 +197,7 @@ $ spack uninstall openmpi ## OSSのロード -例えば `cp2k` を利用可能にしたい場合は、 +例えば `cp2k` を利用にしたい場合は、 ```bash $ spack load cp2k @@ -291,7 +291,7 @@ Quantum ESPRESSO のジョブスクリプト例： #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --ntasks-per-node=8 -. /shared/software/spack-v1.2.0/share/spack/setup-env.sh +. /shared/software/spack-1.2.0/share/spack/setup-env.sh spack load quantum-espresso @@ -301,7 +301,7 @@ srun pw.x -in qe.in ※ `qe.in` は Quantum ESPRESSO の入力ファイルです。 ※ 実際の計算を行うには、入力ファイルおよび必要な擬ポテンシャルファイル（UPF形式）を事前に準備してください。 -## 同一名複数パッケージの区別 +## 同名複数パッケージの区別 複数のバージョンが同時にインストールされている場合や、同一バージョンであってもログインノード向けと計算ノード向けで異なるビルドがインストールされている場合があります。