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La corrélation linéaire entre `density` et `abdom` est bonne. Elle l'est moins entre `density` et `thigh`, mais nous allons voir dans un instant si cette variable apporte un plus. La corrélation entre `abdom` et `thigh` est assez élevée (77%) mais cela laisse un peu de marge pour exprimer éventuellement une information complémentaire utile au sein du modèle multiple.
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@@ -5,7 +5,7 @@ description: "**SDD II Module 6** Classification hiérarchique ascendante et int
5
5
tutorial:
6
6
id: "B06La_ahc"
7
7
version: 2.0.1/10
8
-
output:
8
+
output:
9
9
learnr::tutorial:
10
10
progressive: true
11
11
runtime: shiny_prerendered
@@ -127,7 +127,7 @@ question("À partir des données du tableau `fish`, vous souhaitez réaliser une
127
127
answer("Indice de Bray-Curtis", correct = TRUE),
128
128
answer("Indice de Canberra", correct = TRUE),
129
129
answer("Distance Euclidienne"),
130
-
answer("Indice de Manhattan"),
130
+
answer("Indice de Manhattan"),
131
131
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
132
132
incorrect = "La grande question à se poser est celle de la représentativité des doubles zéros (et nous avons vu qu'il y en a beaucoup dans notre jeu de données).",
133
133
correct = "Seuls les indices qui n'utilisent pas les doubles zéros comme information sont pertinents ici. Canberra effectuera une pondération des espèces les unes par rapport aux autres contrairement à Bray-Curtis. Cela correspond à deux points de vue différents : soit la communauté dans son ensemble caractérise le milieu, soit les espèces les plus abondantes définissent principalement ces communautés. En pratique ici, la pondération est déjà incluse via l'échelle d'abondance par espèce.")
@@ -219,7 +219,7 @@ question("Vous souhaitez réaliser un matrice de distance sur les données envir
219
219
answer("Indice de Bray-Curtis", message = "L'indice de Bray-Curtis sert plutôt pour des dénombrements d'espèces."),
220
220
answer("Indice de Canberra", message = "L'indice de Canberra ne prenant pas en compte les doubles zéros, il est plutôt mal adapté pour des données environnementales."),
221
221
answer("Distance Euclidienne", correct = TRUE),
222
-
answer("Indice de Manhattan", correct = TRUE),
222
+
answer("Indice de Manhattan", correct = TRUE),
223
223
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
224
224
incorrect = "Hum, pas tout-à-fait... Quelles métriques prennent en compte les doubles zéros comme similarité (deux sites ayant même concentration nulle en une substance chimique se ressemblent).",
225
225
correct = "Excellent ! C'est en fait des métriques différentes qui sont utilisées pour les dénombrement d'espèces ou les données environnementales.")
Copy file name to clipboardExpand all lines: inst/tutorials/B06Lb_kmeans/B06Lb_kmeans.Rmd.inactivated
+15-3Lines changed: 15 additions & 3 deletions
Original file line number
Diff line number
Diff line change
@@ -5,7 +5,7 @@ description: "**SDD II Module 6** Regroupement des données par les k-moyennes e
5
5
tutorial:
6
6
id: "B06Lb_kmeans"
7
7
version: 2.2.0/8
8
-
output:
8
+
output:
9
9
learnr::tutorial:
10
10
progressive: true
11
11
runtime: shiny_prerendered
@@ -129,7 +129,7 @@ question("Sur base du graphique que vous avez réalisé, quelle valeur de *k* ut
129
129
answer("3"),
130
130
answer("4", correct = TRUE),
131
131
answer("5"),
132
-
answer("Plus de 5"),
132
+
answer("Plus de 5"),
133
133
allow_retry = TRUE,
134
134
correct = "Bravo, vous avez trouvé la bonne réponse. Sur le graphique, on choisira une valeur de *k* à la base du coude, lorsque l'ajout d'un *k* supplémentaire ne permet plus de faire baisser la valeur de manière importante.",
135
135
incorrect = "Retentez votre chance. Nous recherchons des sauts importants dans la décroissance de la somme des carrés (*total within sum of square*). L'objectif est de choisir la valeur de *k* à la base du coude, lorsque l'ajout d'un *k* supplémentaire ne permet plus de faire baisser la somme des carrés de manière importante.")
@@ -175,7 +175,7 @@ Tracez un graphique des nitrates `nit` en fonction de l'oxygène dissout `oxy`.
175
175
176
176
```{r graphe_prep}
177
177
envir_scale <- as_dtx(scale(envir))
178
-
set.seed(210219)
178
+
set.seed(210219)
179
179
envir_kmn <- k_means(envir_scale, k = 4, nstart = 25)
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